Au Japon, à Nagoya et à Tokyo, de nos jours et seize ans plus tôt. Depuis le mois de juillet de sa deuxième année d'université jusqu'au mois de janvier de l'année suivante, Tsukuru Tazaki vécut en pensant presque exclusivement à la mort. A Nagoya, Tsukuru Tazaki avait quatre amis. Le premier s'appelait Akamatsu, on le surnommait Mr Red ; le deuxième était Ômi, Mr Blue ; la troisième, Shirane, était Miss White et la dernière, Kurono, Miss Black.
Tsukuru Tazaki, lui, était sans couleur. Tsukuru est parti à Tokyo ; les autres sont restés. Et un jour, ils l'ont appelé et lui ont dit qu'ils ne voulaient plus jamais le voir ni lui parler. Sans explications. Lui-même n'en a pas cherché. Pendant un temps, Tsukuru Tazaki a vécu comme Jonas dans le ventre de la baleine, comme un mort qui n'aurait pas encore compris qu'il est mort. Tsukuru est devenu architecte, ingénieur, designer ; il construit des gares. Aujourd'hui, Tsukuru Tazaki a rencontré Sara.
Elle veut comprendre ce cercle d'amis, elle pense que Tsukuru ne sera jamais tranquille tant qu'il ne saura pas pourquoi il a été chassé. Alors, Tsukuru va partir en pèlerinage, à Nagoya d'abord, où vivent encore deux membres du groupe, et jusqu'en Finlande, où habite Kuro, Miss Black. Un pèlerinage avec la vérité au bout du chemin.
